해운회사의 주무 부처는 과거 해운항만청을 거쳐 현재는 해양수산부로 되어있다.

해양수산부에는 해양 관련 과 수산 및 어업 관련 그리고 일부 항만 및 해운회사와 관련된 업무를 담당하고 있다. 

새 정부 공약으로 해양수산부가 부산으로 이전하고 이에 따라 해운회사들의 본사도 부산으로 가야 한다는 정부의 입김과 북극항로 개척에 따른 정책으로 일부 해운회사들은 숨이 가빠져 있다.

사실 해양수산부가 주무관청이기는 하나 전반적으로 해양과 어업, 수산에 관련된 행정업무가 가장 비중을 많이 차지하고 있는 현 상황에서는 기존의 부산지사에 근무 인력과 추가 전문인력을 통하여서도 해양수산부와 업무 연결이 충분히 가능하기 때문이다. 굳이 대표이사나 임원급이 해양수산부를 출입할 요인이 없거니와 과거처럼 사장이 관에 불려들어가는 세상도 아니기 때문이다.

해양수산부의 부산 이전은 부산지역 경제 활성화 및 부산항만 발전과 북극항로 개척에 따른 연결고리이지만 실행이 되더라도 유럽지역 서비스 선사에게 해당이 될 뿐 모든 해운회사가 북극항로를 가야 하는 것은 아니다. 당연히 인트라 아시아 권역을 운항하는 해운회사들에는 관계성이 먼 이유이기도 하다.
지역경제 활성화 역시 해운회사 소재지에 국한될 뿐이지 부산 전 지역의 경제를 해운회사 본사가 활성화 시킨다는 것은 더더욱 현실성이 없는 이유이기도 하다.

특히 현재 우리나라의 국적선사 대부분이 인트라 아시아 권역 서비스를 제공하고 있기에 더더욱 북극항로 서비스와는 현실적으로 거리가 먼 것이 현실이다.

가장 중요한 것은 해운회사들의 비즈니스이다. 주된 고객층인 실화주와 포워더들이 서울·경기 일원에 집중된 것을 감안하면 해운회사들의 영업력에 치명적으로 될 수 있으며 외 국적선사들과의 경쟁력에서도 뒤처질 수밖에 없게 될 것은 자명한 사실이다. 그렇다고 실화주들과 포워더까지 연계되어 줄줄이 부산으로 다 내려보낼 수는 없는 일이다.

북극항로 개척 역시 아직 많은 세월이 필요하고 다른 국가들과의 연계성도 필요하기에 해운회사 본사의 부산 이전은 아직은 시기상조로 현실감이 없어 보인다. 해운회사는 실화주가 있는 곳에 있어야만 생존을 이어 나갈 수 있는 기업이기에 선적 관련한 세일즈 비즈니스에 실패하면 국적해운산업은 당연히 사업 부진으로 고충을 겪게 될 수도 있다.

오히려 해운과 항공산업의 화물 부문은 함께 국제물류업종으로 명확하게 포함시켜야 한다. 수년간 국제물류협회(KIFFA)에서 줄기차게 주창하고 있는 물류 관련 전문 주무 부처 설립 제안도 이러한 차원일 것이다. 진정한 물류 관련 전문 주무 부처를 설립하여 해운, 항공 물류의 전문성을 활성화하고 외국계 물류 기업들과의 경쟁력을 키워나갈 수 있는 정부의 관심과 지원 그리고 적극적인 물류정책이 선행되어야 할 시점이다.